1900年6月，“八國聯(lián)軍”侵略中國。次年9月清政府被迫簽訂《辛丑條約》，賠償白銀4。5億兩史稱“庚子賠款”。1904年美國表示所得賠款可用于“退款辦學”。1906年美國伊利諾伊大學校長詹姆士致函總統(tǒng)道出辦學的真實目的：“我們現(xiàn)在一定能夠使用最圓滿和巧妙的方式控制中國的發(fā)展——這就是說使用那種從知識上與精神上支配中國領袖的方式。”
　　
　　1911年清華大學的前身——清華學堂在內(nèi)憂外患中誕生。1912年中華民國成立清華學堂改名為清華學校。清華學堂和清華學校是留美預備學校以“培植全才增進國力”為宗旨以“進德修業(yè)自強不息”為教育方針融匯中西文化校風純良嚴謹素以要求嚴、學風好、外語好、體育好而著稱。
　　
　　1914年梁啟超作題為“君子”的演講以《周易》中“天行健君子以自強不息”、“地勢坤君子以厚德載物”勉勵清華學子樹立遠大理想培養(yǎng)完美人格做“真君子”。“自強不息厚德載物”遂成清華校訓。
　　
　　1925年清華學校設立大學部1928年更名為“國立清華大學”，追求“中華民族在學術上之獨立發(fā)展而完成建設新中國之使命”。1937年抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后清華大學南遷長沙與北京大學、南開大學聯(lián)合辦學組建國立長沙臨時大學。1938年長沙臨時大學遷至昆明改名為國立西南聯(lián)合大學。西南聯(lián)大培養(yǎng)了一大批杰出人才包括楊振寧和李政道兩位諾貝爾獎獲得者、82位中國科學院院士、13位中國工程院院士等。1946年清華大學遷回北京清華園原址復校設有文、法、理、工、農(nóng)等5個學院26個系。
　　
　　1952年全國高校院系調(diào)整后清華大學成為一所多科性工業(yè)大學重點為國家培養(yǎng)工程技術人才被譽為“工程師的搖籃”。1978年以來清華大學逐步恢復了理科，經(jīng)濟、管理和文科類學科并成立了研究生院和繼續(xù)教育學院。1999年原中央工藝美術學院并入成立清華大學美術學院。目前清華大學設有16個學院56個系已成為一所享譽海內(nèi)外的綜合性、研究型大學。
　　
　　每年4月的最后一個星期日為清華大學的校慶日。2011年4月24日清華大學迎來百年校慶。