隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，愛伊薩因發現組織的龐大而拜托國際刑警插手。在日本警方及科南的協助下幾次阻止了其活動，黑暗組織決定報復。黑暗組織偷襲了薩利的家，捉住了愛伊薩的伙伴，并留下了要愛拉薩獨自前往營救的暗示。在黑暗組織的總部，Gin發現了loins的真實身份并以少年偵探團的生命要挾其制作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在一天內制作出解藥和假死丸，并巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解藥后命胖子殺死愛拉薩及愛伊薩的伙伴。。。。

愛比薩迅速揭開暗示之謎，并趕往黑暗組織的總部，而一切被利兒看到。在利兒的要求下，阿郎和警方對暗示苦思不解，阿郎在睡夢中突發靈感而揭開謎題。在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下一份血書，寫有黑暗云云。內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺愿。因而黑暗組織一直得到政府暗中支持而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的含義。Gin給loins服下解藥后告訴胖子釋放loins。對大哥唯命是從的胖子放了loins，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現并揭穿之前的他是基德假扮的。

大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而后來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。Cris（女教師）道出愛拉薩和愛伊薩的秘密，交給愛拉薩一份血書，要求其揭開血書之謎并以縮小藥的解藥誘惑。愛拉薩解開血書之謎，原來是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當場。。。。。利兒趕到現場，正碰到Gin要愛拉薩留遺言。科南對利兒道出真相并表白后Gin開槍，蘭替科南擋下子彈。哀對此震驚不已。。。。。。。艾黎薩終于在緊要關頭用**射中Gin，而loins與胖子在搏斗中一同從樓上跌下。對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬后欲殺科南。而對coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。愛伊薩，阿郎和姆巴等人趕到，阿郎對組織的小嘍羅大打出手，十分英勇。

在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女家Gino的私生子的秘密后自殺。Cris此時說出自己是美國安插在組織里的間諜，原來美國也想控制組織。阿德離去之后眾人急忙將利兒和loins送往醫院，并驚訝的發現loins又變回小孩。黑暗組織被偵破，而解藥只剩下一顆。loins被診斷為腦震蕩，醒來后只記得眾人名字而對其他忘的一干二凈。利兒仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。

阿福建議愛拉薩變回一拉薩來喚醒利兒，愛拉薩只好如此。而愛拉薩變身時被阿美看到。深夜阿美來到病房偷吻了一拉薩后離去，并與阿燕，阿余約定保守一拉薩的秘密。利兒終于在一拉薩一的悉心照料下康復。由于這件案子，眾人都變成名人，利兒很不適應。優作則要求一拉薩及利兒一起前往美國讀大學。妃回到阿郎身邊并要利兒去美國。而阿郎因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時阿郎道出早已知道一拉薩而故意不說破的真相。

夕陽中，一拉薩看到loins和阿美們開心的玩耍而頗感欣慰。在機場，眾人歡送一拉薩和利兒離去，只有loins偷偷轉過身去對著自己和愛拉薩的照片垂淚。。。。。。